外界抗原作用于呼吸道,数小时内可引起呼吸道局部的免疫反应，抗原量大时可引起全身性免疫反应。在上呼吸道形成的免疫球蛋白主要是分泌型免疫球蛋白A（SIgA）,具有中和病毒与毒素、凝集微生物以及减少细菌与上皮表面附着等作用。支气管肺泡洗出液中的免疫球蛋白与血清中免疫球蛋白成分相仿，主要是IgG。洗出的淋巴细胞主要是T细胞。但呼吸系统对付微生物的主要效应细胞是巨噬细胞，而不是T细胞。特异性防御机制中也必须有巨噬细胞的作用，巨噬细胞将抗原（胸腺依赖性抗原)吞噬并进行处理后，将抗原信息传递给T细胞,才引起特异性免疫反应。T细胞产生的淋巴因子又能吸引和激活巨噬细胞，被激活的巨噬细胞杀菌能力增强却是非特异性的，如在结核病中被激活的巨噬细胞不仅对结核菌,而且对其他细菌的作用也增强。