艾森曼格综合征自然病程有一个很大的跨度，尽管总的来讲，其生存率对于原发性肺动脉高压。

大多数病人能生存到三到四个十年，而且尽管非常少但仍有报道个别病人生存到第七个十年。当同时合并一个潜在的染色体畸形如21三体综合症，这种病人经常比没有染色体畸形的病例生存的时间短。

在艾征作为一个主要的临床基本概念出现后，先天性心脏病的自然病史研究开始实施。第二次自然病史研究（1993）继1958～1969第一次疾病自然史研究（1993）支持艾征病人自其被诊断后仍有生存几个十年；及54％的病人（在98个未手术的室缺病人＋艾征）的病人在艾征被诊断后仍存活20年。10～19岁艾征病人在被诊断后5年存活率95％；年龄超过20岁者5年存活率为56％。

目前尽管唯一的治疗这种疾病措施是肺移植或心肺联合移植；在过去的10年间几项进步已能促使病人获得更高的生活质量伴随着活动能力的提高。