1、导致性生活不和谐：阴茎短小在一定的程度上就不能够使女方达到性高潮，不能够满足女性的需求，不能够和谐的进行性生活。严重的能影响到家庭的和谐，导致家庭生活破裂。

　　2、造成较大的心理压力：几乎每个男人都是百般介意自己的阴茎的长度。一旦阴茎短小给男性精神上和心理上带来很大的压力，许多阴茎短小患者不敢在人多的时候小便，洗澡等，常年的积累会造成性格上的压抑，会被彩虹及异性耻笑。

　　3、一些器官发育也受累：阴茎短小是一种很普通常见的先天性异常。但是普通也是很令人烦恼，阴茎短小的情况是阴茎长度比同龄人小2个标准差。此病与体内睾丸酮缺乏有关，睾丸酮缺乏是激素靶器官发育不良的结果。常伴有睾丸发育差，下降不全。

　　4、影响生育能力：阴茎短小很可能造成下丘脑分泌的黄体生成素释放激素(LHRH)减少。阴茎短小者轻者影响性生活质量，夫妻感情。重者丧失正常生育能力。