病儿自幼出现进行性紫绀和呼吸困难，哭闹时加剧。伴有杵状指（趾）和红细胞增多。平时易感乏力，劳累后呼吸困难和乏力常使病儿采取下蹲位休息，部分病儿由于严重的缺氧而引起昏厥，甚至有癫痫样抽搐。胸痛和心律失常较少见，偶有咯血。如不治疗，体力活动大受限制且不易成长，影响发育。

体检见胸前部可有隆起。胸骨左缘第二、三肋间有收缩期吹风样喷射型杂音，可伴有震颤。此杂音为肺动脉口狭窄所致，其响度与狭窄程度呈反比，因狭窄越重则右心室的血液进入骑跨的主动脉越多，而进入肺动脉的越少。与单纯性肺动脉口狭窄杂音的不同是历时较短、高峰较早，吸人亚硝酸异戊酯后减轻而非增强，伴有震颤者少，肺动脉口狭窄严重者此杂音几乎消失而出现连续性杂音，为支气管血管与肺血管间的侧支循环或合并动脉导管未闭引起。

非典型的法洛四联症和肺动脉口狭窄程度较轻而在心室水平仍有左至右分流者，还在胸骨左缘第三、四肋间听到由心室间隔缺损引起的收缩期杂音。肺动脉瓣区第二心音可能减弱或正常，但亦可能呈单一而响亮的声音（由主动脉瓣区第二心音传导过来）。心浊音界正常或略增大。心前区和中上腹可有抬举性冲动。