阵发性房颤往往需要长期服用抗心律失常药物，治疗有效的患者可能会减少发作次数，但房颤本身不会消除还会再次发病。很多患者服用过多种抗房颤药物但效果不佳。需要注意的是长期服用药物所致的不良作用，如肝脏毒害、甲状腺功能亢进或减退、肺脏纤维化、胃肠道反应、眼睛和皮肤损害等。有些患者出现抗心律失常药物导致的其它严重心律失常。有些患者药物不耐受出现心动过缓而被迫停药。有些同时合并缓慢性心律失常的病人（称为病窦综合征、慢快综合征）房颤很难用药物控制，因为药物会进一步加重心动过缓而出现危险。

持续性房颤和慢性房颤往往需要药物控制心室率和长期服用抗凝药物如华法令，但要经常监测凝血指标（INR）进行调整（华法令抗凝作用容易受食物和药物的影响），剂量小抗凝不足还会有血栓栓塞风险，而抗凝过度又会增加内脏出血和脑出血的风险。

药物治疗是传统治疗，已经经历了百年，鉴于药物的有效性及安全性，现在还没有找到既非常有效又很安全的药物。因为多年以来没有找到房颤更好的治疗方法，但房颤病人又不能不治疗，因此从某种意义上讲药物治疗往往是治疗的无奈之举。