朝阳区第二医院根据两院区自身及周边环境情况，在综合性基本医疗服务基础上，将两院区主要业务功能划分如下：小庄院区以健康体检与健康管理、代谢病诊治与研究、CBD国际诊疗中心为重点。东坝院区以妇产及儿科、创伤外科、老年康复为重点。