福建医科大学口腔医学系成立于1984年，2000年10月改系建院。学院建立有从学士、硕士到博士的完整学位教育体系。 口腔基础教研室、牙体牙髓病学、牙周病学、儿童口腔医学、预防口腔医学、口腔黏膜病学、口腔颌面外科学、口腔修复学、口腔正畸学9个教研室及口腔医学实验教学中心和实验中心，有12个临床实习基地。口腔医学专业为福建省级特色 专业 ,《口腔修复学》、《牙周病学》、《预防口腔医学》、《口腔颌面外科学》4 门为省级精品课程，口腔医学 实验教学中心为省级实验教学示范中心，另有校级精品课程 2 门、校级 教学 团队 5 支 。学院获福建省科学技术奖二等奖、三等奖、校教学成果奖一等奖等奖项。学院建设有一支高素质的师资队伍。教师队伍中，获国务院政府特殊津贴3人，入选福建省百千万人才工程5人，博士生导师2人，硕士生导师19人，福建医科大学学科带头人6人，青年骨干教师6人，多名专家在全国高校口腔医学专业教学指导委员会、中华口腔医学会的各学科专业委员会担任常委或委员。