金华市妇幼保健院设有妇产科、妇保科、中医科、男性科、儿科、儿保科、口腔科等临床保健业务科室和影像诊断科、检验科、药剂科等医技科室。金华市产前诊断中心、金华市产前筛查中心、金华市新生儿疾病筛查中心、金华市宫颈疾病诊治中心、国家“子宫颈癌的预防及癌前病变规范化诊断与治疗的推广”示范点等均设在本院。同时负责全市9个县(市、区)妇幼保健技术指导和业务培训工作。