1、内口的存在

　　原发感染源如肛窦炎、或肛腺感染依然存在，肠腔内容物还可从内口继续进入瘘管，再次形成新的瘘管。这是肛瘘复发的关键之所在。对于肛瘘，很多不专业的医师往往找不到全部的内口，只是把表面的瘘口消除掉，而没有解决最关键的内口，致使肛瘘一再反复发作。

　　2、肛门部不能静养，脓腔不易粘合

　　在排粪、排尿时，因括约肌收缩或因炎症刺激肛门括约肌，使肛门括约肌经常处于痉挛状态。

　　3、肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管，刺激管壁，使管壁结缔组织增生变厚，管腔难以闭合;

　　4、脓腔引流不畅，或外口缩小，时闭时溃，脓液蓄积腔内，导致脓肿再发并穿破而形成新的支管或瘘道;

　　5、管道多在不同高度穿过肛门括约肌，括约肌收缩阻碍脓液排出，以致引流不畅。